En el Campus Científico-Tecnológico, situado en la zona de expansión de la ciudad, se desarrollan estudios de Ciencias, Ciencias de la Salud e Ingenierías.
En el Campus de Guadalajara, a 25 kilómetros de Alcalá de Henares y con una excelente comunicación con esta ciudad y con Madrid, se imparten estudios de Ciencias Sociales, Ciencias de la Salud y Arquitectura.