En línea con la legislación nacional y autonómica que rige el sistema universitario público de la Comunidad de Madrid, el gobierno de la Universidad de Alcalá está marcado por la autonomía universitaria, la participación democrática de todos los colectivos que la forman, la rendición de cuentas y el compromiso social.
La toma de decisiones la ejercen diversos órganos colegiados como el Claustro (máximo órgano de representación de la comunidad universitaria), el Consejo de Gobierno (principal órgano ejecutivo) y el Consejo Social (garante de la conexión entre universidad y sociedad y de la supervisión económica de la primera). Estos conviven con órganos de carácter unipersonal como los de rector, vicerrector, secretario general y gerente. Asimismo, esta estructura de toma de decisiones participativa se replica al nivel de las escuelas y facultades, departamentos, institutos de investigación… Unos de los rasgos que definen la gestión y el gobierno de la Universidad de Alcalá es su sostenida apuesta por la transparencia institucional, un apartado en el que destaca a nivel nacional.



